La misión de PROHVILLA es trabajar en la conservación del área natural protegida de los Pantanos de Villa, mediante una adecuada gestión técnica y administrativa, promoviendo la política ambiental de alcance regional y local, liderando el proceso de ordenamiento ambiental e impulsando la participación activa de todos los actores sociales en la consolidación, protección del ecosistema y su biodiversidad.